緑本第11章の空間統計モデルをRとStanで実装してみた

久保拓弥氏の著書『データ解析のための統計モデリング入門』の第11章で扱われている、空間構造のある階層ベイズモデルをRとStanで実装してみた話を書きます。

緑本の愛称でも知られるこの本は、データ分析界隈の方なら一度は聞いたことのある有名な著書だと思います。私もデータサイエンスを学んだ初期のころに知人に薦められて読みました。

とても勉強になる本なのですが１つ難点があって、MCMCでベイズ推論する際にWinBUGSというソフトウェアを使って解説されており、Macユーザーの私には実際に実行して試せない、という問題がありました。

MCMCのソフトウェアは複数あるようですが、今から学ぶならより高速に処理できると言われているStanがいいだろう、ということで馬場真哉氏の著書『RとStanではじめるベイズ統計モデリングによるデータ分析入門』で学んだ後、実際に緑本第11章をRとStanでやってみました。

もともとベイズ統計モデリングの学習の一環で取り組んでみたことですが、なかなかに学びが多かったです。まとめをnoteに書きましたので、ご紹介いたします。